Immune Monitoring and Analysis of Cancer at Stanford (IMACS)

Stanford University, Stanford CA

Investigators

Linked publications & trials

Abstract

IMMUNE MONITORING AND ANALYSIS OF CANCER AT STANFORD (IMACS)    Abstract  The  Center  for  Immune  Monitoring  and  Analysis  of  Cancer  at  Stanford  (IMACS)  will  perform  highly  comprehensive assays of immune phenotype and function for NCI-­identified clinical trials.  These will include  standardized  assays  already  developed  on  CyTOF,  high-­dimensional  flow  cytometry,  Luminex,  TCRseq,  and  RNAseq  platforms.    As  part  of  the  program  we  will  also  standardize  and  offer  as  assays  Stanford-­invented  technologies under development, including Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) and Assays of Transposon-­ Accessible Chromatin (ATAC-­seq).  We have designed our center structure to work with investigators to define  the assays best suited to the immunological questions being posed, and match these with the required sample  types.  We will perform quality control measures on all assays, as well as generate a standard report for each  assay  and  project.    Data  will  be  organized  via  our  online  database,  Stanford  Data  Miner,  to  ensure  data  longevity and transferability, as well as access to both raw data files and analyzed results.  Finally, we will work  with investigators on novel bioinformatics approaches to mining these high-­dimensional data sets.  These will  include  approaches  designed  for  a  single  data  type  (e.g.,  viSNE  and  Citrus  for  CyTOF  and  flow  cytometry  data), as well as approaches for integrating data across assays, using appropriate machine learning algorithms  to aid NCI researchers in identifying immune hallmarks central to their trials.    Relevance:  The IMACS center will provide access to a suite of state-­of-­the-­art immune assays, many of them  developed  or  refined  at  Stanford.    This  unmatched  set  of  technologies  will  facilitate  the  discovery  of  new  biomarkers  for  predicting  cancer  outcome  or  therapeutic  response,  as  well  as  defining  potential  new  mechanisms of immune control of cancer.